در اواخر قرن هشتم و اوایل قرن نهم، یعنی در زمان قتل خان حاکم فارس بنای اولیه آرامگاه سید علاءالدین حسین ساخته شد.

آرامگاه درون باغی که به باغ قتلغ معروف بود، قرار داشت. بعد از مدتی باغ مزبور ویران گشت و قبر امام نیز ناپدید شد.
در اواسط عهد صفوی شخصی به نام میرزا علی که از مدینه به شیراز آمده بود، قبر امام را پیدا نمود و آن را تعمیر اساسی کرد.

بعد از آن خلیل سلطان ذوالقدر حاکم فارس (۹۱۸-۹۲۶) در زمان سلطنت شاه اسماعیل صفوی به تجدید بنا و تزیین آن پرداخت و در سال ۹۲۳ کار تزیین آرامگاه را به پایان رساند